A partir de la detonación de la bomba en elfinal de temporada la trama se divide en dos partes: una realidad alterna ubicada en 2004, cuando los pasajeros del vuelo 815 de Oceanic aterrizan en Los Angeles, y otra en la que los sobrevivientes continúan en la isla buscando la forma de regresar acasa.
En 2004, Jack Shephard (Matthew Fox) es un médico que lleva de regreso a su padre muerto de Sydney, Kate Austen (Evangeline Lilly) llega esposada al aeropuerto por ser una prófuga de la justicia y John Locke (Terry O'Quinn) permanece en silla de ruedas.
Los pasajeros que en la trama original formaron relaciones por el accidente, ahora lo hacen por circunstancias del destino. Algunas cosas han cambiando.
Personalidades desconocidas se develan en la isla, Jacob (Mark Pellegrino) lleva a Hurley (Jorge García) al templo de los Otros para salvar la vida de Sayid (Naveen Andrews).
Charlie (Dominic Monaghan), Boone (Ian Somerhalder), Desmond (Henry Ian Cusick) y otros personajes de las temporadas anteriores aparecen en la historia alternativa en la que el vuelo de Oceanic llega a los Estados Unidos.
Todos los tripulantes del vuelo 815 aterrizan, viven la continuación a las historias narradas en las cinco temporadas anteriores. ¿Qué sucederá con sus destinos en la temporada final?
